La cripta è stata studiata e documentata per la prima volta da Sotterranei di Roma, su segnalazione di un privato. 
Una botola dietro l'altare maggiore, tramite una ripida ed angusta scaletta, permette di accedere al piccolissimo ambiente che ospita delle sedute.

Le tredici sedute, che probabilmente richiamano il numero di Gesù e i 12 apostoli, sono tutte provviste di un foro di scolatoio, sotto al quale veniva posizionato un vaso, per raccogliere gli umori appunto 'scolanti' dal processo di decomposizione del cadavere che quì veniva deposto.

Un foro nel soffitto permetteva ai gas fetidi derivati dalla putrefazione, di fuoriuscire verso l'esterno, per rendere l'atmosfera respirabile.
Il Putridarium infatti aveva una duplice valenza.
In primis permetteva la mummificazione dei cadaveri in quanto mano a mano che il corpo si decomponeva, gli umori colando nel vaso lasciavano, al termine del processo, solo la pelle e le ossa che si manteneva correttamente attaccata al defunto.
Inoltre, l'ambiente veniva usato come penitenza, in quanto all'interno del Putridarium i monaci andavano a pregare, e tra i fetori della decomposizione ricordavano (e vedevano) che cosa succedeva al corpo dopo la morte, per cui l'unica cosa da salvaguardare e dar valore era appunto l'anima.

Un grosso muro sul lato Ovest della cripta separa il Putridarium da altri ambienti, che però non è stato possibile ispezionare perchè occlusi dalle murature.

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