Una storia plurimillenaria non solo da un punto di vista geologico. La grotta infatti è un emissario di un antico lago, Il pantano di Roiate, dove l’acqua lentamente ha costruito, con infinita pazienza, le sculture naturali che la caratterizzano. Ma il suo più grande valore aggiunto, è costituito dalla storia dell’uomo, che si va a sovrapporre a quella naturale. Essa infatti venne utilizzata dai primitivi come rifugio e riparo. Testimonianza di questo sono le epigrafi con disegni di ominidi intenti a cacciare, che si possono ammirare nel percorso di visita. La grotta poi diventà, grazie ad un pozzo votivo, un santuario di ex voto che, ancora oggi, vengono rinvenuti nel corso delle visite (percorso Speleo Turistico).