La torre fu edificata tra il 1564 e il 1568 per volere di papa Pio V che la consacrò a San Michele Arcangelo e assegnò la sua progettazione a Michelangelo che tuttavia non vide la fine dei lavori ed il suo progetto venne affidato a Giovanni Lippi.

La sua funzione fu quella di torre di vedetta, dogana (dopo un'esondazione del fiume che ne cambiò il corso rendendo inutilizzabile come dogana Tor Boacciana) e di faro durante la Seconda Guerra Mondiale prima dalle forze italo-tedesche poi da quelle americane.

La torre è di forma ottagonale, con un'altezza di 18 m ed un perimetro di 96 m. I materiali impiegati sono stati il laterizio, il travertino e la malta. Le finestre e la torre del faro sono state aggiunte durante la guerra e non erano previste nel progetto originale. La particolarità della torre è il tetto appositamente inclinato verso il centro per permettere ai colpi delle catapulte di un eventuale assedio di cadere nella cisterna dove peraltro erano posizionate le celle.

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