Nel XIII secolo, tra la via Collatina e la via Prenestina sorse una torre quadrata in laterizio, con stipiti in travertino e merlata. Il secolo successivo, la storica famiglia Boccamazzi vi costruì il casale Bucchamatiis. Questo fu successivamente venduto all'Ospedale Santo Spirito.

Il 15 agosto 1457 fu, quindi, acquistato dal cardinale Domenico Pantagati detto Capranica, che lo affidò agli studenti perugini del Collegio di San Girolamo. Questi lo rinominarono in "Sapienza nuova". Da ciò la torre del casale fu rinominata in "Tor Sapienza".

L'attuale nucleo urbano si formò negli anni venti, ad opera di un ferroviere molisano antifascista, Michele Testa, che creò la "Cooperativa Tor Sapienza dell'Agro Romano", realizzando prima 25 abitazioni economiche, quindi un altro centinaio.
Il 20 maggio 1923 fu inaugurata la borgata di Tor Sapienza, costruita regolarmente ed attrezzata di una scuola, una farmacia ed una condotta medica.

Durante la seconda guerra mondiale la torre fu utilizzata dall'esercito tedesco come deposito di munizioni. Al momento della ritirata il deposito di munizioni fu fatto brillare e questo causò il crollo totale dell'alta torre centrale. Questa esplosione causò inoltre l'inagibilità di numerose gallerie che si trovavano sotto ed intorno alla torre.

Alla fine degli anni novanta il nuovo proprietario della torre, sotto la supervisione dell'Accademia di belle arti, ha eseguito una profonda ristrutturazione della cinta esterna della torre riportandola al suo splendore originale. La ristrutturazione ha comportato l'eliminazione totale dei merli quadrati in cima alle mura.

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