È verosimile che Pupa sia la cristianizzazione di una qualche divinità pagana che aveva il compito di proteggere i bambini (se non di svariate divinità minori pagane legate al mondo dell'infanzia, come Paventia (o Paventina, che designa espressamente la paura infantile), Carda, Stimula etc., fuse in un'unica figura).
Una galleria sotterranea inizialmente molto ampia, detta l'Occhialone, attraversa una collina non molto lontana dagli esigui resti della città medievale di S. Pupa.

Per questo l'ipogeo viene identificato a carattere cultuale, con una lunghezza di 130 metri. All'ingresso degli ambienti sotterranei uniti da una coorte che sono stati utilizzati sicuramente a stalla per il bestiame, lasciando intendere un primo uso come cava di pozzolana.
Da qui la presenza di un pozzo centrale, molto ampio, probabilmente per l'estrazione del materiale cavato.

La parte più interessante dell'ipogeo è proprio dopo il pozzo che viene chiamato 'Occhialone'.

Un ambiente più stretto (circa 2 metri di larghezza) con ben 84 cubicoli scavati nelle pareti, stessa altezza e identica dimensione fanno pensare o ad un putridarium o a un ambiente di culto.

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