Nel 1998, ha avuto inizio l?indagine dell?area della Chiesa di S. Primo, individuata per i resti dei muri perimetrali e per la permanenza del campanile, trasformato in torre di avvistamento nel 1200 e noto come torre di S. Primitivo.
Lo scavo ha portato alla luce un lungo tratto della via Prenestina ed ha evidenziato chiaramente due fasi costruttive della chiesa, l?ultima delle quali ha effettuato una consistente sopraelevazione. Un tramezzo divide la chiesa inferiore, voltata, dalla zona ovest, forse nartece interno; quella che inizialmente fu considerata una cripta, visibile attraverso uno sfondamento
della pavimentazione, era in realtà la prima chiesa monumentale, costruita sul luogo del martirio del Santo.
La chiesa inferiore è divisa in due navatelle da una fila di pilastri: in quest?area le decorazioni ad affresco non sono state indagate in modo approfondito per ragioni di sicurezza. Nella parte tra le murature ed il campanile è stata individuata una zona presbiteriale, pavimentata in marmo di riutilizzo e dotata di due accessi laterali.
Nell?area della chiesa sono stati rilevati: tre nuclei di necropoli differenti;
sette ambienti con orientamento e tecnica edilizia analoghi all?edificio religioso; un?antica struttura sulla via Prenestina, probabile dazio a controllo del traffico verso Roma.

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