La Basilica di Sant'Ippolito venne riportata alla luce agli inizi degli anni Settanta del secolo scorso presso il canale di Fiumicino (antica Fossa Traiana) nell'Isola Sacra. Grande meno di un terzo dell'attuale, l'Isola era percorsa dalla strada che collegava Ostia a «Portus» e in età romana venne abbandonata perchè divenuta paludosa. Allargatasi per i depositi del Tevere, da fine '800 ne fu promossa la bonifica, conclusa intorno al 1930 dall'Opera Nazionale Combattenti (l'area interessata è oggi inclusa nel Consorzio di Bonifica di Ostia e Maccarese e dell'Agro romano).

Esempio di edificio ecclesiastico delle origini del cristianesimo (fine del IV e inizi del V secolo.), la Basilica, dedicata al martire portuense Ippolito, sorge su di un complesso termale di età romana di cui restano degli ambienti e in particolare alcune cisterne per l'acqua. L'edificio, a tre navate con abside, conserva tracce della Cattedra episcopale e del Battistero costruito in una fase successiva. Utilizzata durante tutto il periodo medioevale, venne abbandonata nel XV secolo in seguito allo spopolamento della diocesi. Nel vicino Antiquarium è possibile vedere i resti delle epigrafi e dei reperti scultorei rinvenuti all'interno della struttura.Da segnalare il ciborio carolingio realizzato durante il pontificato di Leone III (795-816).

A testimonianza del passato rimane, inglobato in un casale sorto sui resti della Basilica Paleocristiana, un campanile cosmatesco del XII secolo. Era aperto da un ordine di bifore, due di trifore a pilastri e uno di trifore a colonnine in corrispondenza dell'antica cella campanaria, tutte murate quando fu sopraelevato e trasformato in torre di avvistamento.

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